Подводные пустыни, немного отличаются от того, к чему мы привыкли в традиционном понимании этого слова. Но и здесь нет места живым организмам. Подводные пустыни — это катастрофа не только для самих подводных жителей, но и для жителей государств, которые имеют выход к таким неблагоприятным морским просторам, так как в там нельзя осуществлять промышленной добычи морепродуктов, их там попросту нет.
Несколько лет назад в подводную пустыню превратили дно Мексиканского залива так называемые «красные приливы и отливы». Как говорили местные океанологи, это явление, вызванное микроскопическими красными водорослями, привело к практически полному опустошению 10-километрового участка дна между городами Силам де Браво и Пуэрто-Прогресо.
Размножаясь со значительной скоростью, водоросли резко сокращают содержание кислорода в воде. В результате возникает прямая угроза для медленно перемещающихся придонных видов, живущих на строго определенной законами животного мира территории. Специалисты, совершившие контрольные погружения в указанном районе, констатировали, что практически все рыбы, членистоногие, моллюски и микроорганизмы покинули его или погибли. По словам ученых, на восстановление здешней экосистемы понадобится, как минимум, один год.
Но в 2010 году произошла авария на нефтяной платформе BP Deep Water Horizon. Всего нефтью было загрязнено почти 1800 километров побережий. Нефть и химикаты, применяемые при ликвидации розлива нефти, стали причиной гибели десятков тысяч морских животных и птиц, и превратили огромные территории в подводные пустыни.
Помимо нефти, к наиболее вредным отходам относятся сточные воды. Подводные съёмки свидетельствуют о вызванной ими гибели морских организмов, что влечёт появление подводных пустынь, усеянных органическими остатками. Такая ситуация может наблюдаться повсеместно.